Kurt Schwertsik studierte an der Wiener Musikakademie Komposition bei Joseph Marx und Karl Schiske sowie Horn. Mit seinem Komponistenkollegen Friedrich Cerha gründete er 1958 das Ensemble die reihe für Neue Musik.
Ab 1955 nahm Schwertsik an den Darmstädter Ferienkursen teil, die damals ihre wichtigste Zeit hatten; dort wurde er auch Schüler von Karlheinz Stockhausen, bei dem er anschließend in Köln lernte. Unter dem Einfluss von John Cage und anderen amerikanischen Komponisten sowie seiner Freundschaft mit Cornelius Cardew öffneten sich Schwertsik alternative Schaffensformen, was dazu führte, dass er den Serialismus endgültig ablehnte und sich wieder der Tonalität zuwandte. Im Jahr 1965 gründete er gemeinsam mit dem Komponisten und Pianisten Otto Zykan die Wiener Salonkonzerte und veröffentlichte ein Manifest gegen einige Aspekte der Nachkriegsavantgarde.
Über die vergangenen 30 Jahre hat Schwertsik, eine schillernde Figur im Wiener Musikleben, einen Ruf als einer der führenden Komponisten österreichs erlangt. Seine Werke bildeten einen Schwerpunkt beim Almeida Festival 1987 in London und beim Musica Nova Festival 1990 in Brisbane. Seine Heimatstadt ehrte ihn mit der bisher größten Retrospektive seines Schaffens beim Festival Wien Modern 1992. Schwertsiks Werke waren auch beim Festival Alternative Vienna, im South Bank Centre und in Konzerten des London Philharmonic Orchestra 1995 zu hören.
Schwertsiks bedeutenste Kompositionen sind die fantastische Oper Fanferlieschen Schönefüßchen, ein Auftragswerk der Stuttgarter Oper von 1983 für ihr neues Kammertheater, und der fünfteilige Orchesterzyklus Irdische Klänge, der zum ersten Mal beim Festival Wien Modern 1992 erklang. Aus Schwertsiks Feder stammen auch Konzerte für Violine, Pauke, Gitarre, Kontrabass, Alphorn, Posaune sowie Instant Music für Flöte und Bläser. Seine vier Ballette, Macbeth, Frida Kahlo, Nietzsche und Gastmahl der Liebe, sind in Zusammenarbeit mit dem namhaften Choreographen Johann Kresnik entstanden.
Auch als Liedkomponist hat sich Schwertsik hervorgetan. Einer seiner Zyklen sind die Starckdeutschen Lieder und Tänze für Bariton und Orchester auf Texte von Matthias Koeppel. Auf vielen großen Musikfestivals hat er erfolgreiche Liederabende mit seiner Frau Christa veranstaltet.
Unter Schwertsiks neueren Werken sind die Sinfonia-Sinfonietta für den Wiener Musikverein zu nennen; Roald Dahl's Goldilocks, vom Scottish Chamber Orchestra uraufgeführt; die von Roger Norrington am Abend der Jahrtausendwende am Salzburger Mozarteum uraufgeführte Schrumpf-Symphonie; das Violinkonzert Nr. 2 für Christian Altenberger; und ein Posaunenkonzert mit dem Titel Mixed Feelings, das seine Premiere 2002 durch das Minnesota Orchestra erlebte. Adieu Satie für Streichquartett und Bandoneon kam im April 2003 erstmals zur Aufführung, und das Wuppertaler Opernhaus brachte im Juni desselben Jahres seine auf Fassbinders gleichnamigem Film und Theaterstück basierende jüngste Oper Katzelmacher auf die Bühne. Das Divertimento Macchiato war seit seiner Uraufführung 2007 vielfach in Konzerten des Trompeters Hakan Hardenberger zu hören.